Η Μαγκνταλένα Κάρμεν Φρίντα Κάλο ι Καλντερόν γεννήθηκε στις 6 Ιουλίου 1907 στο χωριό Κογιοακάν, που σήμερα αποτελεί τμήμα του ιστορικού κέντρου της Πόλης του Μεξικού, της πρωτεύουσας του Μεξικού. Ο πατέρας της ήταν Γερμανός με Ουγγρικές ρίζες και η μητέρα της Ισπανίδα με ρίζες από τους ιθαγενείς της περιοχής. Αργότερα, κατά τη διάρκεια της καλλιτεχνικής της διαδρομής, η Φρίντα Κάλο θα εξερευνήσει την ταυτότητά της, περιγράφοντάς την ως αποτέλεσμα δύο αντίρροπων δυνάμεων: της ευρωπαϊκής αποικιοκρατικής της πλευράς και της ιθαγενούς τοιαύτης.
Από μικρή προσβλήθηκε από πολιομυελίτιδα που της άφησε μια μικρή αναπηρία στο πόδι. Η Κάλο ήταν δεμένη περισσότερο με τον πατέρα της, που ήταν επαγγελματίας φωτογράφος και συχνά τον βοηθούσε στο στούντιο, όπου απέκτησε την οξεία ματιά για τη λεπτομέρεια.